Институт истории и этнологии им. Ч.Ч.Валиханова является одним из старейших научных учреждений республики. История его создания напрямую связана с деятельностью Академии наук в Казахстане. Начало формирования академической сети относится к 1932 г., когда была образована Казахстанская база Академии наук СССР. В ее составе в 1933 г. создается Казахский научно-исследовательский институт национальной культуры, занимавшийся изучением истории, археологии, литературы и фольклора, языка, изобразительного и музыкально-хореографического искусства. Историко-археологический сектор данного института послужил основой для образования в 1936 г. исторического сектора Казахстанской базы, а затем Казахского филиала АН СССР (с 1938 г.) В составе КАЗФАН СССР в 1941 г. был организован Институт языка, литературы и истории, у истоков которого стояли такие замечательные казахские ученые, как Н.Т. Сауранбаев (первый директор Института), А.Х. Маргулан, С. Аманжолов и др. Институт истории был создан на основании Постановления Совета Министров СССР, решения штатной комиссии при Совете Министров СССР от 6 декабря 1944 г. № 689, Постановления Президиума Казфилиала АН СССР № 20 от 14 августа 1945 г. «О выделении из состава Института языка, литературы и истории самостоятельных институтов: Института истории, археологии и этнографии и Института языка и литературы».