MiSeq

2015

1

США

Настольный интегрированный инструмент для NGS, включающий в одном приборе блоки для подготовки образцов (образования кластеров), секвенирования и обработки данных и интерфейс для управления.

Возможности мультиплексирования за счет смешивания образцов в одной пробе - до 96 с помощью комбинации мультиплексных идентификаторов с каждого конца при парно-концевых чтениях (8-12); реагенты TruSeq реализуют метод обратимого терминального включения флуоресцентно-меченного основания, позволяют детектировать сигнал от отдельного нуклеотида, после чего терминатор удаляется; для приготовления shotgun-библиотек имеется специально разработанный набор реагентов Nextera для фрагментирования ДНК на основе фермента транспозазы; метод пробоподготовки и проведения клональной амплификации - с ипользованием эмульсионной ПЦР или без использования эмульсионной ПЦР (на выбор); необходимое количество ДНК образца для секвенирования - 50 нг (реагенты Nextera) / от 100 нг до 1 мкг (реагенты TruSeq) / от 1 нг геномной ДНК; количество различных ампликонов, анализируемых за один запуск прибора - до 36’000; обработка полученных данных осуществляется первоначально непосредственно ПО прибора и занимает от 2 ч (парно-концевые чтения 2×250) до 24 ч (метагеномный анализ по 16S РНК), после чего биоинформатическая обработка данных может осуществляться с помощью бесплатного защищенного облачного сервиса BaseSpace (порядка 8 ч), для которого требуется только доступ в Интернет.

Ресеквенирование ампликоновых библиотек; проверка результатов клонирования и генной модификации; мультиплексное высокопроизводительное секвенирование малых геномов (например, микроорганизмов); таргетное высокопроизводительное секвенирование геномов для анализа генетически-ассоциированных болезней; поиск мутаций; HLA-типирование; секвенирование малых РНК; эпигенетические исследования, анализ профиля метилирования; целевое ресеквенирование и секвенирование de novo и т. д.

имеется